Birçok PHP programındaki en büyük zayıflık, dilin kendi iç dinamiklerinden değil de, geliştiricinin kodlama sürecinde güvenliği kafasında bulundurmamasından kaynaklanır. Bu nedenle, verilen kod üzerindeki olası durumlar incelenmeli, beklenmedik bir değişken gönderildiğinde oluşabilecek olası hasar tespit edilmeli ve önlenmelidir.
Bu uygulama yalnızca istenen dosyaları mı etkiliyor?
İstenmeyen verilerin kullanımı söz konusu olabilir mi?
Bu uygulama hesaplanmayan biçimlerde çalıştırılabilir mi?
Bu uygulama başka uygulamalarla olumsuz anlamda birlik yaratabilir mi?
Bütün işlemler gerektiği biçimde arşivleniyor mu?
Bunların haricinde register_globals, magic_quotes ve benzeri değerleri kapatarak, değişken doğrulamasında karmaşa yaratabilecek etkilerden korunabilirsiniz. PHP'nin hata raporlaması (E_ALL) modu ile çalışmak, sorun yaratabilecek değişkenleri yaratılmadan ve denetlenmeden önce tespit etmeniz açısından size yardımcı olabilir (böylece uygunsuz verinin işlenmesini önlemiş olursunuz).